「前哨基地の上」というのが、襲撃者を湧き層に湧かせられる場所であれば問題ないと思います。
襲撃者の湧く場所の決定ロジックがはっきり分からないので、断言できず申し訳ありません。

前哨基地の屋根を指しているのであればその周辺に村人とベッドを置く必要があり、襲撃者はおそらく湧き層ではなく前哨基地周辺に湧いてしまうのではないかと思われます。

【マイクラ】1.14.20対応 全自動襲撃者トラップ、効率上がりました。【統合版】

※1.16対応の全自動襲撃者トラップを公開しました。これから作る人はこちらがオススメです。バージョン1.16にてデスポーン範囲が44ブロックに狭まり、プレイヤーと略奪隊の大将の距離を44ブロック以内におさめる必要が生じました。待機場所付近の...

minecraft-redstone.com

2020.02.09

対応バージョンを公開しましたので、良ければこちらをご覧ください。

襲撃を起こすための「凶兆」は略奪隊の大将をプレイヤーが倒すことで付与されます。
略奪隊は前哨基地内の湧きが多くて湧き場所も固定なためすぐ処理しやすく、襲撃イベントを効率的に発生させるためには前哨基地が必須となります。

一方、略奪隊は前哨基地以外に自然に湧くことがありますので、天空トラップタワーに湧いた略奪隊を処理して襲撃イベントを発生させれば、「天空トラップタワー兼襲撃者トラップ」のような運用も不可能ではないと思います。（略奪隊の湧きは控えめなので、襲撃イベントはごくまれに起こる形）

※バージョン1.14.20現在、襲撃者トラップが不安定（とくに略奪隊の大将を処理するピストン周り）なため改修中です。

参考にして作りたいと思いますが、そもそも前哨基地の上にしか作れないものなのでしょうか？できれば家やゴーレムトラップや経験値トラップのある拠点の近くに作りたいのですが…

確認してみたところ、同様の現象が見られました。アップデートによる影響だと思われます。
対応した処理層を制作しておりますので、少々お待ちください。

村人が既存の村のベッドと紐づいたままの可能性が考えられます。
村から100ブロック以上離れていれば紐づきは外せるはずですが、それ以外の要因は残念ながら私には分かりかねます。

・既存の村のベッドを片っ端から破壊し、襲撃者トラップ用村人との紐づけを切る
ことが対応策として考えられますが、それでもうまく紐づくかは分かりません。

「襲撃者トラップがアップデートで壊れた」などの情報もあり、もう少し詳しい情報を待っている状態です。
※私の環境では問題なく稼働しています。

もしや「前哨基地によって湧きのズレる方角が異なる」みたいな話を聞いたことがあるのでそれかと思いましたが、私はその辺詳しくないため・・・お力になれず申し訳ありません。

対応は完璧だと思いますので、またなにかありましたらご一報くだされば幸いです。

記事内にも注意事項として追記させて頂きました。